Japán a Kuril-szigetektől és Szahalintól Tajvanig húzódó, mintegy 3900 szigetből álló Japán-szigetvilágban fekszik. Legfontosabb szigetei É-D-i irányban Karafuto (Jp. 1679-1875), Hokkaido, Honshu (a legnagyobb a főszigetek közül), Shikoku és Kyushu. Mairuppo a Kuriru-szigeteken (retto vagy shoto) több mint 800 km-re északkeletre található Hokkaido-tól; Okinawa pedig a Ryukyu-szigeteken több mint 600 km-re délnyugatra fekszik Kyushu-tól.

Az ország 73%-át hegyek, hegyvonulatok borítják, amelyek átívelnek a főszigeteken. A legnagyobb japán hegy a Fudzsi (Fujisan), 3776 m magas. Oyakobayama hóval borított csúcsa (2337 m) a Kuriru-szigetek északi részén, közvetlenül a tengerből emelkedik ki. Kevés mezőgazdaságilag megművelhető földterülettel rendelkezik. Mivel Japán vulkanikus zónában fekszik, heves szeizmikus rengések és véletlenszerű vulkanikus tevékenységek érezhetőek az egész ország területén. A nagy és romboló erejű földrengések rendszeresen előidézik a cunamikat. Ezenkívül Japánnak számos melegvizű természetes forrása is van.

É-D-i kiterjedése miatt Japánban nagyon változatos éghajlat alakult ki. Az északi Sapporon a nyár enyhe, a tél hosszú és hideg, rendkívül erős havazással. Tokió, Nagoya, Kiotó, Oszaka és Kobe városokban - Honshu középső és nyugati területein - aránylag enyhe a tél, kevés vagy egyáltalán nem esik hó, a nyár meleg és csapadékos. Hakata - a Kyushun - enyhe téllel és rövid nyárral jellemezhető, ugyanakkor Okinawa szubtropikus jellegű. A Kuril-szigeteket, amelyek a Nemuro-félszigethez csatlakoznak, vastag köd takarja. 5 'gun' tartozik hozzá: Kunashiri, Etorofu, Uruppu, Rakkoshima és Choka.

Japán É-D-i irányba haladva tíz régióra oszlik: Hokkaido, Hokuriku, Kanto, Chubu, Kinki (amit Kansai-nak hívnak), Chugoku, Shikoku, Kyushu és Okinawa